吉首大学于1986年开办商科教育，1987年筹办经济管理系，2002年撤系建成商学院。学院目前拥有全日制在校本科、硕士研究生2100余人。学院设有经济学、工商管理、会计学、国际经济与贸易4个本科专业；拥有工商管理、应用经济学2个一级学科硕士点和中国少数民族经济1个主建二级学科硕士点以及会计专业硕士点（MPAcc）。目前，学院是中国科学院地理所吉首大学院士专家工作站主要建设单位，是学校“服务国家特殊需求博士人才培养项目——国家连片特困地区（武陵山区）生态扶贫人才培养项目”主要建设单位，是“武陵山片区扶贫与发展”湖南省普通高校“2011协同创新中心”和“民族地区扶贫与发展研究中心”湖南省专业特色智库主要建设单位，是武陵山片区扶贫与发展协同创新中心博士后科研流动站协作研发中心主要建设单位。

学校坚持贯彻党的教育方针，坚持社会主义办学方向，认真贯彻落实习近平总书记系列重要讲话精神，全面落实教育部《深化新时代教育评价改革总体方案》总体要求和国家高层次人才培养发展战略要求，培养热爱祖国，拥护中国共产党的领导，拥护社会主义制度，遵纪守法，品德良好，具有服务国家服务人民的社会责任感，掌握本学科坚实的基础理论和系统的专业知识，具有创新精神、创新能力和从事科学研究、教学、管理等工作能力的高层次学术型专门人才以及具有较强解决实际问题的能力、能够承担专业技术或管理工作、具有良好职业素养的高层次应用型研究生。